Primera Época. Perfiles surge en 1978 en el Centro de Investigaciones y Servicios Educativos (CISE), creado un año antes a partir del Centro de Didáctica y la Comisión de Nuevos Métodos de Enseñanza, y por iniciativa de Jorge Sánchez Azcona, su primer director. Se plantea como un medio para comunicar y difundir el trabajo de investigación y docencia del personal académico del propio Centro. Dirigida a docentes, investigadores y alumnos inmersos en el campo educativo, Perfiles establece como su finalidad contribuir al desarrollo de la educación como ciencia. Se establece con las siguientes secciones: artículos, estudios y documentos, reseñas y noticias bibliográficas, las cuales se refieren a breves fichas de libros del acervo de la Biblioteca del CISE.

Entre julio de 1978 y marzo de 1983 se publican 19 números, con un volumen promedio de 60 a 70 páginas, con ilustraciones y fotografías, en tamaño carta, y con una circulación masiva entre los maestros de la UNAM y las bibliotecas del país, pues su tiro es de 11 000 ejemplares por número.

Segunda Época. En esta segunda época se dan dos periodos: el primero, de junio de 1983 a diciembre de 1984, en el que incluso cambia su seriación publicando 7 números (del 1 al 7), con la leyenda “Nueva época”. 

El nuevo director del CISE, Enrique Suárez Íñiguez, además de insistir en su especial interés por abordar la problemática educativa del país, particularmente de la UNAM, extiende una invitación a investigadores y maestros a colaborar en la revista. Es decir, Perfiles ya no sólo publicará los trabajos del CISE, sino que se abre a la comunidad académica educativa del país. En estos números se mantienen el formato, el volumen y el tiraje de la revista, se agrega una nueva sección, Ensayos, se inicia con la identificación de la institución o dependencia del autor y se destaca, junto al título, algún breve párrafo significativo del texto.

El segundo periodo va de 1985 a 1996, e inicia sumando al número 19 los siete números del primer período. Con el número doble 27-28, Perfiles retoma su numeración inicial y concluye con el número 75, en 1996, publicando en esta Segunda Época 49 números. 

El número 27-28 inicia con una carta del entonces Rector de la UNAM, Jorge Carpizo, en la que se refiere a la prioridad de la actualización y la formación docente de la Universidad, actividad a la que concurre el CISE, a partir de ese momento adscrito a la nueva Coordinación de Apoyo y Servicios Educativos –quien tenía al frente a Jorge Sánchez Azcona y agrupaba, además, a la Dirección General de Bibliotecas (DGB), la Dirección General de Televisión Universitaria y el Centro Universitario de Tecnología Educacional para la Salud (CEUTES)-.  El Rector anuncia en esta carta la distribución gratuita de la revista a los profesores e investigadores de tiempo completo y medio tiempo, así como a los profesores de asignatura con 18 horas o más frente a grupo, para allegarles materiales educativos que favorecieran su actualización y preparación.

Podemos afirmar que los primeros 75 números de la revista estuvieron principalmente ocupados de tópicos vinculados a la educación superior, resultado de la inserción institucional de esta publicación periódica. En este transcurso, Perfiles logró consolidarse, mantuvo un buen nivel académico y obtuvo el reconocimiento de investigadores, docentes y público en general. Sin embargo, aún se inclinaba más al campo de la divulgación de temas educativos que a la difusión de resultados de investigación.

Tercera época (1997 a la fecha). En febrero de 1997, fecha en la que desaparece el CISE, se integra al actual IISUE la revista Perfiles Educativos. El IISUE tiene su antecedente en el Centro de Estudios sobre la Universidad (CESU), creado en 1976, cuya consolidación académica y aportaciones a la investigación fueron reconocidas por el H. Consejo Universitario, máximo órgano colegiado de la Universidad, que cambió su estatus de Centro a Instituto, hace poco más de dos años.

Inicia entonces la tarea de la comunidad de investigadores del CESU (ahora IISUE), coordinada por su Comité Editorial, de definir los nuevos lineamientos de la revista, ahora asentada en el Subsistema de

Investigación en Humanidades. En este nuevo contexto institucional, se decide crear la Tercera Época de Perfiles. Lo primero que se planteó fue decidir cómo se quería que fuera la nueva revista, tanto en su formato como en el contenido. Con ese objetivo, se redefinieron sus lineamientos, buscando que Perfiles fuese una publicación que difundiera resultados de investigación en educación de nuestro país, pero también de América Latina y de otros países, con artículos propuestos por investigadores nacionales y extranjeros cuyo contenido se relacionara con la problemática educativa. 

Frente al compromiso de mantenerla en un distinguido lugar académico y darle mayor rigor y proyección, el Comité Editorial se propuso como meta lograr su ingreso al Índice de Revistas Mexicanas de Investigación Científica y Tecnológica (IRMICyT) de CONACyT. 

Así, se planteó una revista de alta calidad académica, avalada por especialistas. En relación con su formato, se procedió a adecuarlo a las características y normas internacionales de las revistas científicas. Se establecieron cuatro secciones: Claves, Horizontes, Documentos y Reseñas, así como el inicio de cada número con un artículo editorial, redactado por el director de la revista (hasta diciembre de 2008 la dirección de la revista estuvo a cargo del director del Centro, y después del Instituto).  Fue así que, después de haber realizado las modificaciones decididas por el Comité Editorial, se publicó el primer número de la Tercera Época (76-77), en diciembre de 1997.  Desde entonces y hasta ahora el tiraje ha sido de 1000 ejemplares.

Después de publicar cinco números de esta nueva época, en 1999 se decidió presentar Perfiles a la evaluación del CONACyT para pertenecer a su Índice. Para nuestro beneplácito, la revista fue aprobada por un periodo inicial de un año en 2000, y se su pertenencia al IRMICyT fue renovada en 2001 y en 2007. Así, también festejamos más de 10 años ininterrumpidos de ser parte de este Índice.

Se convierte así en la primera revista dedicada a la investigación educativa que ingresa al IRMICyT; posteriormente se integraron la Revista Mexicana de Investigación Educativa (COMIE), la Revista de la Educación Superior (ANUIES), y en 2007, la Revista Electrónica de Investigación Educativa (UABC). Estas cuatro revistas, por cierto, nos unimos en 2006 para conformar el GRIE (Grupo de Revistas de Investigación Educativa).

Perfiles Educativos celebra al día de hoy poco más de treinta años de publicación continua, desde junio de 1978, fecha en la que publicó su primer número. Hasta este día llegamos ya al número 125, volumen XXXI de la Tercera Época, con un renovado espíritu.  A partir de 2009 Perfiles Educativos inicia una etapa en la que se reestructuran sus órganos de dirección, por primera vez el director de la revista es un académico distinto de las instancias de gobierno del Instituto, y en el consejo editorial y en su comité se prevé que participen destacados académicos de distintas instituciones y con variadas especialidades en el campo de la investigación educativa, lo cual seguramente se traducirá en acciones que mejorarán cada una de las etapas del proceso editorial, de su difusión e impacto.